Los defensores del diseño inteligente, que no es más que creacionismo enmascarado, utilizan dos argumentos supuestamente científicos como piedra de toque para afirmar la superioridad de su teoría sobre la selección natural. Estos dos argumentos son, en primer lugar, la improbabilidad de formación de organismos complejos por evolución y en segundo lugar la irreductibilidad de los órganos que cumplen funciones especializadas. Analicemos ambos argumentos desde un punto de vista estrictamente racional y veamos hasta que punto pueden ser aceptables, o mínimamente verificables.
El primer argumento, la improbabilidad de los organismos complejos se refiere al hecho de que es muy improbable que organismos vivos de alta complejidad hayan podido formarse gracias a la casualidad que se supone a la selección natural. Utilizan como modelo el "Argumento del 747", según el cual un huracán que se abatiera sobre un desguace de aviones sería altamente improbable que pidiera juntar piezas hasta formar un 747 perfecto. Este argumento adolece de dos fallas importantes, que lo lastran de forma definitiva. En primer lugar, supone que la selección natural opera por casualidades, cuando la realidad es que todos aquellos órganos o aquellas funciones que no son útiles para la supervivencia de la especie desaparecen en las generaciones próximas, manteniéndose sólo aquellos que permiten esta supervivencia. De tal forma que, aunque los distintos rasgos evolutivos vayan apareciendo por casualidad, la propia selección natural se encarga de mantener sólo aquellos que resultan útiles a la especie, siendo así que la especie evolucionada no es ya un producto de la casualidad.
En segundo lugar, este argumento para defender la teoría del diseño inteligente se vuelve fácilmente contra ésta cuando se plantea la cuestión de quién diseña al diseñador, cuestión insoslayable en esta situación. En efecto, si se admite que los organismos complejos no pueden formarse por casualidad y por lo tanto han de haber sido diseñados por un organismo superior, y se admite a la vez la idea consiguiente de que ese organismo es efectivamente superior, es decir que un organismo complejo no puede ser diseñado por un organismo menos complejo, el "argumento del 747" debe ser entonces también aplicado a este diseñador intteligente, que a su vez debería haber sido diseñado por otro organismo más inteligente y así hasta el infinito. Se puede caer en la tentación metafísica de afirmar que el diseñador se diseña a sí mismo, opción imposible ya que para ello el diseñador debería haber existido antes de su propia existencia. Si se descarta esta opción, o bien aceptamos que la cadena de diseñadores se extiende al infinito, o bien, puesto que estamos intentando hacer un análisis racional y de momento sólo tenemos dos teorías, se acepta que el diseñador original es un producto de la evolución. Teniendo en cuenta que no es posible verificar en la actualidad el final de la evolución, existe la probabilidad de que el desarrollo de ésta alcance en un futuro a la formación de un diseñador inteligente, o sea de Dios. Nótese bien que este argumento no niega la existencia de un diseñador inteligente, tan sólo dice que, en caso de que éste exista, tendría que ser un producto de la Evolución. En este caso, incluso cabría la posibilidad de admitir que la Teoría de la Evolución y la del Diseño Inteligente son complementarias, o que la Teoría del Diseño Inteligente es una subteoría de la de la Evolución.
El segundo argumento, el de la irreductibilidad de los órganos que cumplen funciones especializadas, vendría a decir que aquellos órganos altamente especializados de los organismos vivos que cumplen una función de utilidad muy específica, no pueden haber evolucionado de estados anteriores más primitivos, puesto que su función no puede ser otra que la que cumplen, y un órgano más primitivo no habría resultado de utilidad, por lo tanto tienen que haber aparecido, o haber sido diseñados, tal y como se aparecen en la actualidad. Ante este argumento, en primer lugar habría que decir que sería necesario probar que un órgano más primitivo no es más útil que la ausencia de ese órgano. Habría que saber si a una mosca no le resulta más útil tener cuatro ojos (que luego evolucionan a ocho) que no tener ninguno, o si al primer pez que salió de las aguas a la tierra no le resultaba más útil una pata que ninguna, aunque luego la evolución los dotara de cuatro. En segundo lugar, este argumento olvida de nuevo el mecanismo de la selección natural. Todos aquellos órganos que no fueran útiles para la supervivencia de la especie habrían desaparecido, y habrían evolucionado hasta formar aquellos otros que permiten esta supervivencia, que son los que se mantienen en las especies evolucionadas. Es cierto que existen vacíos, saltos evolutivos que la Teoría de la Evolución aún no puede explicar, pero eso no debe servir de excusa para rellenar esos vacíos con un diseñador inteligente.
En conclusión, la Teoría del Diseño Inteligente, o bien es una teoría complementaria de la de la Evolución, o bien no consta de las suficientes evidencias como para imponerse a ésta.
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